Перед обновлением замените свой index.php на статическую страницу.
Шаг 1: Обновление Ваших файлов CodeIgniter
Замените все файлы и папки Вашего каталога "System" за исключением application.
Шаг 2: В первую очередь настройте get_dir_file_info()
Версия 2.0.0 обратно несовместима с get_dir_file_info() в File Helper. Такое случается редко в CodeIgniter, но мы считаем, что это оправдано, в связи с риском возникновения проблем с производительностью сервера. Если вы нуждаетесь в рекурсии при использовании этой функции, измените второй параметр $top_level_only в FALSE:
get_dir_file_info('/path/to/directory', FALSE);
Шаг 3: Переведите ваши плагины в Хелперы (Helpers)
Во второй версии отошли от плагинов, так как их функционал аналогичен Хелперам. Так что придется переименовать файлы плагинов из filename_pi.php в filename_helper.php, также не забыть переместить их в директорию helpers и заменить вызовы с
$this->load->plugin('foo');
на
$this->load->helper('foo');
Шаг 4: Обновите зашифрованные данные
Библиотека Encryption была улучшена, что привело к несовместимости со старой версией. Добавлен новый метод encode_from_legacy(), который декодирует данные из предыдущего алгоритма и возвращает перекодированные новые строки, Что позволит Вам заменить старые данные новыми.
Шаг 5: Удаление вызовов Хелпера compatibility
Хелпер compatibility удален из CodeIgniter, так как все текущие методы поддерживаются PHP.
Шаг 6: Обновите Class extension
Все классы ядра теперь начинаются с префикса CI_. Обновите модели и контроллеры CI_Model и CI_Controller.
Шаг 7: Обновление родительского конструктора
Теперь все классы CodeIgniter используют PHP __construct(). Обновите расширяющие библиотеки, так чтобы вызывалось parent::__construct().
Ну и напоследок изучайте руководство пользователя