Перед обновлением замените свой index.php на статическую страницу.
Шаг 1: Обновление Ваших файлов CodeIgniter
Замените все файлы и папки Вашего каталога "System" за исключением application.
Шаг 2: В первую очередь настройте get_dir_file_info()
Версия 2.0.0 обратно несовместима с get_dir_file_info() в File Helper. Такое случается редко в CodeIgniter, но мы считаем, что это оправдано, в связи с риском возникновения проблем с производительностью сервера. Если вы нуждаетесь в рекурсии при использовании этой функции, измените второй параметр $top_level_only в FALSE:
get_dir_file_info('/path/to/directory', FALSE);